Stochastic switching during cell differentiation/reprogramming (SFB 1027, Projekt C3)

Genexpression unterliegt in allen Zellen einer strengen Regulation durch das Binden von Transkriptionsfaktoren sowie durch epigenetische Modifikationen. Ebenso wie die Zell-Differenzierung oder die Zell-Umprogrammierung wird die Genexpression maßgeblich stochastisch durch passende Stimuli gesteuert. Dieses Projekt macht sich atomistische biomolekulare und Brown'sche Dynamik-Simulationen zu Nutze, um die Bindungsprozesse zu studieren, die die Genexpression im E. Coli pap Operon, welches in Projekt C1 experimentell untersucht wird, beeinflussen. Ein zweiter Teil des Projektes umfasst stochastische Dynamik-Simulationen zur Modellierung von Zustandsänderungen des Genregulationsnetzwerks rund um die Pluripotenz-Faktoren Oct4, Nanog und Sox2. In Zusammenarbeit mit Projekt C2 wollen wir charakterisieren, wie dynamische Änderungen der Konzentration von Transkriptionsfaktoren und DNA-Methylierungs-Grad die Zell-Differenzierung während der Entwicklung des frühen Maus-Embryos bis zur 32-Zell-Phase beeinflusst.

Weitere Informationen unter: http://www.sfb1027.uni-saarland.de/