{"id":3796,"date":"2022-10-27T05:18:30","date_gmt":"2022-10-27T05:18:30","guid":{"rendered":"https:\/\/zbi-dev.cs.uni-saarland.de\/?page_id=3796"},"modified":"2023-04-26T14:40:23","modified_gmt":"2023-04-26T12:40:23","slug":"wirkstoff-bioinformatik-prof-kalinina","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/zbi-dev.cs.uni-saarland.de\/de\/forschung-am-zbi\/forschungsgruppen\/wirkstoff-bioinformatik-prof-kalinina\/","title":{"rendered":"Wirkstoff-Bioinformatik (Prof. Kalinina)"},"content":{"rendered":"\t\t<div data-elementor-type=\"wp-page\" data-elementor-id=\"3796\" class=\"elementor elementor-3796\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-inner\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-section-wrap\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t<section class=\"elementor-section elementor-top-section elementor-element elementor-element-f329cac elementor-section-boxed elementor-section-gap-beside-yes elementor-section-height-default elementor-section-height-default elementor-section-column-vertical-align-stretch\" data-id=\"f329cac\" data-element_type=\"section\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-container elementor-column-gap-extended\">\n\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-row\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-100 elementor-top-column elementor-element elementor-element-4e999bb\" data-id=\"4e999bb\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-column-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-fa925df elementor-widget elementor-widget-spacer\" data-id=\"fa925df\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"spacer.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t<style>\/*! 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elementor - v3.14.0 - 26-06-2023 *\/\n.elementor-widget-text-editor.elementor-drop-cap-view-stacked .elementor-drop-cap{background-color:#69727d;color:#fff}.elementor-widget-text-editor.elementor-drop-cap-view-framed .elementor-drop-cap{color:#69727d;border:3px solid;background-color:transparent}.elementor-widget-text-editor:not(.elementor-drop-cap-view-default) .elementor-drop-cap{margin-top:8px}.elementor-widget-text-editor:not(.elementor-drop-cap-view-default) .elementor-drop-cap-letter{width:1em;height:1em}.elementor-widget-text-editor .elementor-drop-cap{float:left;text-align:center;line-height:1;font-size:50px}.elementor-widget-text-editor .elementor-drop-cap-letter{display:inline-block}<\/style>\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-text-editor elementor-clearfix\">\n\t\t\t\t<p class=\"rtejustify\">Die Bioinformatik unterst\u00fctzt und kooperiert mit anderen Bereichen der Molekularbiologie indem sie unter anderem Verfahren zur Analyse von Genomsequenzen entwickelt oder Vorhersagen der dreidimensionalen Struktur von Wirkstoff-Ziel-Komplexen generiert. Wir verwenden modernste Techniken der Bioinformatik und Informatik an, um neuartige Resistenzmechanismen zu entdecken und die Wirkungsweise bioaktiver Verbindungen vorherzusagen.<\/p>\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-97b829b elementor-widget elementor-widget-spacer\" data-id=\"97b829b\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"spacer.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-spacer\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-spacer-inner\"><\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-49391f5 elementor-widget elementor-widget-premium-addon-button\" data-id=\"49391f5\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"premium-addon-button.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\r\n\r\n\t\t<a class=\"premium-button premium-button-none premium-btn-lg 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Kalinina<\/h4>\t\t<\/div>\n\t\t\n\t\t\t\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-ec493a8 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"ec493a8\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-text-editor elementor-clearfix\">\n\t\t\t\t<p class=\"rtejustify\">Olga Kalinina erhielt ihren Master of Science Abschluss mit Auszeichnung in Mathematik von der Moskauer Staatsuniversit\u00e4t im Jahr 2003 und ihre Promotion 2007 vom Engelhardt-Institut f\u00fcr Molekularbiologie der Russischen Akademie der Wissenschaften. Sie forschte als Postdoktorandin am European Laboratory for Molecular Biology weiter und erhielt daf\u00fcr ein EMBO Long Term Fellowship der European Molecular Biology Organization und sp\u00e4ter an der Universit\u00e4t Heidelberg in Zusammenarbeit mit Prof. Dr. Robert B. Russell (2007-2011). 2012 gr\u00fcndete sie ihre eigenst\u00e4ndige Nachwuchsgruppe am Max-Planck-Institut f\u00fcr Informatik in der Abteilung f\u00fcr Computational Biology und Applied Algorithmics unter der Leitung von Prof. Dr. Dr. Thomas Lengauer, wo sie bis 2018 die Resistenzmechanismen humaner Viren untersuchte.<\/p>\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-1db3133 elementor-widget elementor-widget-tp-blockquote\" data-id=\"1db3133\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"tp-blockquote.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t<div class=\"pt-plus-text-block-wrapper\" ><div class=\"text_block_parallax\"><div class=\"plus_blockquote quote-style-1   none \" ><blockquote class=\"quote-text\"><span class=\"tp-bq-desc\"><p>\"Die Verwendung moderner Methoden der Informatik zur Entwicklung neuer Strategien f\u00fcr die Bek\u00e4mpfung von Infektionskrankheiten ist sowohl faszinierend als auch essentiell f\u00fcr praktische Anwendungen in der biomedizinischen Forschung.\"<\/p><\/span><\/blockquote><\/div><\/div><\/div>\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t<section class=\"elementor-section elementor-top-section elementor-element elementor-element-866fa6b elementor-section-boxed elementor-section-gap-beside-yes elementor-section-height-default elementor-section-height-default elementor-section-column-vertical-align-stretch elementor-invisible\" data-id=\"866fa6b\" data-element_type=\"section\" data-settings=\"{&quot;animation&quot;:&quot;unicampFadeInUp&quot;}\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-container elementor-column-gap-extended\">\n\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-row\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-100 elementor-top-column elementor-element elementor-element-c21d010\" data-id=\"c21d010\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-column-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-b9c597f elementor-widget elementor-widget-spacer\" data-id=\"b9c597f\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"spacer.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-spacer\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-spacer-inner\"><\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-3512569 elementor-widget elementor-widget-tm-heading\" data-id=\"3512569\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"tm-heading.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"tm-modern-heading\">\n\t\t\t\n\t\t\t\t\t<div class=\"heading-primary-wrap\">\n\t\t\t<h2 class=\"heading-primary elementor-heading-title\">Unsere Projekte<\/h2>\t\t<\/div>\n\t\t\n\t\t\t\t    <div class=\"heading-divider\"><\/div>\n\t    \n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-9e2ae22 elementor-widget elementor-widget-spacer\" data-id=\"9e2ae22\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"spacer.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-spacer\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-spacer-inner\"><\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<section class=\"elementor-section elementor-inner-section elementor-element elementor-element-ccb109e elementor-section-boxed elementor-section-gap-beside-yes elementor-section-height-default elementor-section-height-default elementor-section-column-vertical-align-stretch\" data-id=\"ccb109e\" data-element_type=\"section\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-container elementor-column-gap-extended\">\n\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-row\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-100 elementor-inner-column elementor-element elementor-element-4d35f50\" data-id=\"4d35f50\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-column-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-875d660 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"875d660\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-text-editor elementor-clearfix\">\n\t\t\t\t<p>Ein besonderer Schwerpunkt unserer Gruppe ist die Entwicklung von Machine Learning Methoden zur Vorhersage funktioneller Konsequenzen genetischer Varianten, die mit einer bestimmten Krankheit oder einem bestimmten Resistenzph\u00e4notyp in Verbindung gebracht werden k\u00f6nnen. Dabei ist es unser Ziel, nicht nur die Richtung und das Ausma\u00df des Effekts vorherzusagen, d.h. ob eine bestimmte Variante wahrscheinlich pathogen ist oder Resistenzen gegen ein Medikament hervorruft, sondern auch den genauen molekularen Mechanismus, der daf\u00fcr verantwortlich ist, zu finden. Dazu kombinieren wir phylogenetische Methoden mit Ans\u00e4tzen aus der strukturellen Bioinformatik: Modellierung der dreidimensionalen Struktur von Proteinen, ihren Wechselwirkungen und ihrer Dynamik, deren Ergebnisse vereint f\u00fcr Machine Learning Methoden genutzt werden.<\/p><p>Ein besonderer Schwerpunkt dieser Arbeit liegt in der Entdeckung neuartiger Resistenzmechanismen. Ein weiterer Fokus der Arbeitsgruppe ist die Untersuchung von Protein-Wirkstoff-Wechselwirkungen und Wirkstoffbindungstaschen mit Hilfe von auf Data-Mining und Graphentheorie basierenden Ans\u00e4tzen. Daf\u00fcr entwickeln wir Machine-Learning-Methoden, welche die funktionelle Motive von Proteinen und Wirkstoffbindungsmuster beschreiben und schlie\u00dflich maschinelle Vorhersagemethoden f\u00fcr die Wirkstoffaffinit\u00e4t entwickeln, welche auf strukturellen Deskriptoren von Protein-Wirkstoff-Wechselwirkungen basieren.<\/p>\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-ee861fb elementor-widget elementor-widget-spacer\" data-id=\"ee861fb\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"spacer.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-spacer\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-spacer-inner\"><\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>\u00dcber uns Die Bioinformatik unterst\u00fctzt und kooperiert mit anderen Bereichen der Molekularbiologie indem sie unter anderem Verfahren zur Analyse von Genomsequenzen entwickelt oder Vorhersagen der dreidimensionalen Struktur von Wirkstoff-Ziel-Komplexen generiert. Wir verwenden modernste Techniken der Bioinformatik und Informatik an, um neuartige Resistenzmechanismen zu entdecken und die Wirkungsweise bioaktiver Verbindungen vorherzusagen. Zur Webseite der Gruppe Gruppenleiterin Prof. Dr. Olga Kalinina Olga Kalinina erhielt ihren Master of Science Abschluss mit Auszeichnung in Mathematik von der Moskauer Staatsuniversit\u00e4t im Jahr 2003 und ihre Promotion 2007 vom Engelhardt-Institut f\u00fcr Molekularbiologie der Russischen Akademie der Wissenschaften. Sie forschte als Postdoktorandin am European Laboratory for Molecular Biology weiter und erhielt daf\u00fcr ein EMBO Long Term Fellowship der European Molecular Biology Organization und sp\u00e4ter an der Universit\u00e4t Heidelberg in Zusammenarbeit mit Prof. Dr. Robert B. Russell (2007-2011). 2012 gr\u00fcndete sie ihre eigenst\u00e4ndige Nachwuchsgruppe am Max-Planck-Institut f\u00fcr Informatik in der Abteilung f\u00fcr Computational Biology und Applied Algorithmics unter der Leitung von Prof. Dr. Dr. Thomas Lengauer, wo sie bis 2018 die Resistenzmechanismen humaner Viren untersuchte. &#8220;Die Verwendung moderner Methoden der Informatik zur Entwicklung neuer Strategien f\u00fcr die Bek\u00e4mpfung von Infektionskrankheiten ist sowohl faszinierend als auch essentiell f\u00fcr praktische Anwendungen in der biomedizinischen Forschung.&#8221; Unsere Projekte Ein besonderer Schwerpunkt unserer Gruppe ist die Entwicklung von Machine Learning Methoden zur Vorhersage funktioneller Konsequenzen genetischer Varianten, die mit einer bestimmten Krankheit oder einem bestimmten Resistenzph\u00e4notyp in Verbindung gebracht werden k\u00f6nnen. Dabei ist es unser Ziel, nicht nur die Richtung und das Ausma\u00df des Effekts vorherzusagen, d.h. ob eine bestimmte Variante wahrscheinlich pathogen ist oder Resistenzen gegen ein Medikament hervorruft, sondern auch den genauen molekularen Mechanismus, der daf\u00fcr verantwortlich ist, zu finden. Dazu kombinieren wir phylogenetische Methoden mit Ans\u00e4tzen aus der strukturellen Bioinformatik: Modellierung der dreidimensionalen Struktur von Proteinen, ihren Wechselwirkungen und ihrer Dynamik, deren Ergebnisse vereint f\u00fcr Machine Learning Methoden genutzt werden. Ein besonderer Schwerpunkt dieser Arbeit liegt in der Entdeckung neuartiger Resistenzmechanismen. Ein weiterer Fokus der Arbeitsgruppe ist die Untersuchung von Protein-Wirkstoff-Wechselwirkungen und Wirkstoffbindungstaschen mit Hilfe von auf Data-Mining und Graphentheorie basierenden Ans\u00e4tzen. Daf\u00fcr entwickeln wir Machine-Learning-Methoden, welche die funktionelle Motive von Proteinen und Wirkstoffbindungsmuster beschreiben und schlie\u00dflich maschinelle Vorhersagemethoden f\u00fcr die Wirkstoffaffinit\u00e4t entwickeln, welche auf strukturellen Deskriptoren von Protein-Wirkstoff-Wechselwirkungen basieren.<\/p>\n","protected":false},"author":5,"featured_media":0,"parent":3988,"menu_order":110,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"footnotes":""},"wf_page_folders":[214],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/zbi-dev.cs.uni-saarland.de\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/3796"}],"collection":[{"href":"https:\/\/zbi-dev.cs.uni-saarland.de\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/zbi-dev.cs.uni-saarland.de\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/zbi-dev.cs.uni-saarland.de\/wp-json\/wp\/v2\/users\/5"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/zbi-dev.cs.uni-saarland.de\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=3796"}],"version-history":[{"count":13,"href":"https:\/\/zbi-dev.cs.uni-saarland.de\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/3796\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":9149,"href":"https:\/\/zbi-dev.cs.uni-saarland.de\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/3796\/revisions\/9149"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/zbi-dev.cs.uni-saarland.de\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/3988"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/zbi-dev.cs.uni-saarland.de\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=3796"}],"wp:term":[{"taxonomy":"wf_page_folders","embeddable":true,"href":"https:\/\/zbi-dev.cs.uni-saarland.de\/wp-json\/wp\/v2\/wf_page_folders?post=3796"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}